Ссылки Артемия Трегубенко за ноябрь 2011

первый паспорт в области дали не тому

когда был принят закон, что паспорта выдаются гражданам уже в 14 лет, мне было именно столько. Кроме того, я учился в одном из лучших (если не лучшем) учебном заведении области и успешно участвовал там в олимпиадах по подозрительно большому количеству предметов. Поэтому первые 10 новых паспортов решили выдать в нашем лицее, а самый первый паспорт предназначался мне.

по поводу такого торжественного события мне поручили сказать небольшую речь. Ну и, раз уж я такой большой мальчик, то и написать её тоже. Воодушевлённый, я принялся за дело, применив свой любимый подход «докопаться до сути». Правда, в этот раз он меня подвёл. Вернее, докопаться до сути получилось, но вот превратить суть в воодушевляющую речь было невозможно.

я ведь додумался, что паспорт, вообще-то, штука для человека бесполезная. Что он нужен только для подтверждения личности. А это предполагает исходное недоверие к человеку: вдруг соврёт и выдаст себя за кого-то другого. И до появления паспортов люди вполне неплохо без них обходились. Правительствам было труднее, спору нет, но самим людям паспорта без пользы.

я быстро понял, что мне будет неловко рассказывать всё это в ответ на вручение новенького паспорта с номером 000001. Но и до того, чтобы отказаться от паспорта вообще, я недостаточно созрел. Поэтому пришлось попросить написать для меня текст. Готовую речь я выучил и во время выступления благополучно забыл уже после третьего предложения :) Впрочем, это был не самый худший вариант.

сейчас в этой истории меня больше всего удивляет то, что до анархических размышлений о природе паспорта я совсем не интересовался политикой и устройством общества. И интернета у меня ещё не было, и книжек я по этой теме не читал, так что заразиться было не от чего. Похоже, такое либертарианство во мне самозародилось.

<Control> и <Caps Lock>

если залезть в окошко продвинутых настроек клавиатуры в линуксе, среди прочих параметров там можно обнаружить и такую галочку: «поменять местами <Control> и <Caps Lock>». Поскольку я люблю лазить по настройкам, она мне довольно часто попадалась на глаза. Её же иногда упоминают в интернете.

почему такое вообще может понадобиться? Объяснение довольно простое. С традиционной целью капс сейчас почти никто не применяет, поэтому многие начинают использовать эту кнопку для других целей. Например, для переключения раскладки — именно так я её переключал последние годы. Но, если задуматься, то настолько удобно расположенную под мизинцем кнопку лучше использовать для более частых задач. Контрол же используется намного чаще, чем переключение раскладки.

в общем, недавно я попробовал эту настройку включить. Прошло уже три недели, и я её до сих пор не выключил. Потому что нравится. Трудно было только с «аккордами» типа Ctrl+Shift+<кнопка>. А так уже в первые дни такое положение Ctrl кажется очень естественным — как обратное направление прокрутки тачпадом в новой макоси.

в общем, если живо ещё любопытство, предлагаю попробовать

export google reader shared posts

благодаря open google reader интерфейс google reader для меня не изменился, и возможность рекомендовать записи у меня тоже осталась. Однако комментариев в ридере скоро не станет совсем, даже приходящих из базза, поэтому хочется на всякий случай забрать из него всё своё. К счастью гугл старается быть хорошим и даёт возможность экспорта данных (Настройки → Импорт/экспорт). К несчастью, у активных пользователей вроде меня нередко скачиваются только данные за короткий период.

к счастью, гугл давно старается быть хорошим, поэтому он дал нам многостраничный atom feed. Вот страничка с моими рекомендациями и бесконечной промоткой назад при помощи параметра ?c= в адресе, а вот поток моих рекомендаций, в котором нет прямой ссылки на «предыдущую страницу», зато есть тег gr:continuation. Если его содержимое подставить в адрес потока как параметр ?c=, то результатом будут предыдущие 20 рекомендаций.

а вот простой скрипт на питоне, в который достаточно подставить id из адреса своего потока рекомендаций, и он скачает всю историю этого потока, что я с радостью и сделал для себя:

id = '10202714043885511706'

import os, urllib, xml.dom.minidom as dom

def get(continuation):
    url2 = url + continuation
    print url2
    text = ''.join(urllib.urlopen(url2))

    atom = dom.parseString(text)
    continuation = atom.getElementsByTagName('gr:continuation')
    continuation = continuation[0].firstChild.nodeValue
    date = atom.getElementsByTagName('updated')
    date = date[0].firstChild.nodeValue

    folder = date[:7]
    if not os.path.exists(folder): os.mkdir(folder)

    f = open(os.path.join(folder, date), 'w')
    f.write(text)
    f.close()

    return continuation


url = ('http://www.google.com/reader/public/atom/user%%2F' +\
    '%s%%2Fstate%%2Fcom.google%%2Fbroadcast?c=') % id
continuation = ''

while True: continuation = get(continuation)

в качестве дополнительного бонуса у меня теперь заработает нормальный поиск по своим же рекомендациям : )

Лечение рака супер-лимфоцитами

With great power comes great responsibility.
Старик Хоттабыч

Интересная очень статья: Chimeric Antigen Receptor-Modified T Cells in Chronic Lymphoid Leukemia
Собственно смысл статьи укладывается в один параграф, но сначала нужно кое что объяснить об иммунной системе, для чего я и нарисовал такую вот картинку:

На картинке много что нарисовано, так что пройдемся по пунктам.

На картинке показаны две клетки, находящиеся в плотном контакте друг с другом. Пространство между клетками помечено белым цветом. Снизу у нас CD8 лимфоцит - клетка иммунной системы, которая умеет убивать другие клетки. Сверху - клетка-мишень, на поверхности которой вдруг обнаружился чужеродный белок. Сейчас лимфоцит ее будет убивать. Однако сам по себе чужеродный белок лимфоцит распознать не может.

Небольшую часть всех своих белков каждая клетка разрезает на кусочки в лизосоме и потом эти кусочки выставляются на ее поверхности специальными молекулами - HLA (синие). Таким образом, лимфоциты могут проверить, что именно находится внутри клетки, все ли с ней в порядке.

У лимфоцита есть специальный рецептор (зеленый), который позволяет ему распознать фрагмент чужеродного белка на молекуле HLA. Если это случается, то лимфоцит получает "основной" сигнал активации. Однако его обычно недостаточно и требуется еще и "вспомогательный" сигнал. Этот вспомогательный сигнал приходит если сама клетка или ее окружение "чувствуют себя больными" - они тогда начинают синтезировать вспомогательный лиганд, а лимфоцит при поступающих сигналах об инфекции синтезирует вспомогательный рецептор (и рецептор и лиганд показаны фиолетовым цветом).

Сочетание основного и вспомогательного сигналов запускает иммунный ответ. CD8 лимфоцит активизируется, убивает клетку-мишень и начинает размножаться.

В этой статье был создан химерный белок, у которого снаружи клетки - кусок антитела (оранжевый), что позволяет ему напрямую распознавать чужеродный белок. А внутри у него - оба сигнальных домена, которые посылают и основной и вспомогательный сигналы. Используя инактивированный ВИЧ как носитель ДНК, авторы ввели ген, кодирующий этот белок, в лимфоциты. Такие генетически-модифицированные лимфоциты реагируют на чужеродные белки гораздо активнее - во-первых, они распознают их напрямую, без участия HLA, а во-вторых, им не нужны внешние сигналы о воспалении, потому что этот белок сам автоматически инициирует эти сигналы. В результате мы получаем супер-убийственный лимфоцит, который активируется очень легко и бьет любые клетки мишени, даже если они не издают стрессовых сигналов, говорящих об инфекции.

Зачем они создали такие лимфоциты? Чтобы лечить рак. У их пациента была B-клеточная лейкемия - B клетки, обычно участвующие в иммунном ответе и синтезирующие антитела, начали бесконтрольно размножаться. Стандартная терапия не помогала. Все B лимфоциты имеют на своей поверхности белок CD19 и было решено воспользоваться этим, чтобы искуственно натравить на них иммунную систему. Авторы исследования взяли из пациента CD8 лимофициты и генетичеки модифицировали их, превратив в супер-лимфоциты, которые атаковали любую клетку, имеющую CD19. Тот факт, что это были не обычные лимфоциты, а именно супер-лимфоциты, был очень важен, потому раковые клетки не давали "вспомогательных" сигналов стресса, которые бы позволили активизировать обычные лимфоциты.

Пациенту подсадили небольшую дозу этих супер-лимфоцитов и результат превзошел все ожидания. Пересаженные лимфоциты размножились в 1000 раз и за две недели полностью уничтожили все раковые клетки. К сожалению, вместе с раковыми они уничтожили и все здоровые B лимфоциты, поэтому пациент полностью потерял способность производить собственные антитела. И, скорее всего, никогда ее уже не обретет, потому что супер-лимфоциты добавятся к иммунологической памяти и на каждое появление B клеток они будут реагировать, как на очередную инфекцию. Но ремиссия совершенно уникальная для подобных подходов! Раньше ученые уже пытались такое проделать, но использовали химерный белок, который посылал только "основной" сигнал активации и работало это очень плохо. Похоже что решающую роль сыграло именно добавление "вспомогательного" сигнала.

Собственно куда двигаться дальше уже понятно. Нужна возможность контролировать активность этих супер-лимфоцитов так, чтобы после уничтожения опухоли их можно было "выключить". Системы для этого уже разработаны и я даже несколько удивлен, что они не были использованы в этом исследовании. Есть два подхода. В первом, в химерный белок встраивают регулятор, который позволяет синтез этого белка только в присутствии определенного препарата. Пациенту на время уничтожения рака дают этот препарат, а потом прекращают и супер-лимфоциты превращаются обратно в обычные лимфоциты. Во втором, при генетической модификации лимфоцитов в них также встраивают "ген самоубийства", который активизируется в ответ на определенный препарат. Тут мы сначала дожидаемся пока супер-лимфоциты уничтожат рак, а потом даем пациенту этот препарат и они все умирают.

Я думаю уже в следующих испытаниях эти подходы будут опробованы и супер-лимфоциты с химерными рецепторами станут мощным, специфическим, и безопасным оружием против многих видов рака.

Общедоступный индекс веба (5 миллиардов веб-страниц)

Организация Common Crawl сделала щедрый подарок разработчикам и компаниям, которые работают в области поиска и обработки информации. В открытый доступ на Amazon S3 выложен индекс из 5 миллиардов веб-страниц с метаданными, PageRank и графом гиперссылок.

Если вы видели в логах веб-сервера CCBot/1.0, то это их краулер. Некоммерческая организация Common Crawl выступает за свободу информации и поставила целью сделать общедоступный поисковый индекс, который будет доступен каждому разработчику или стартапу. Предполагается, что это приведёт к созданию целой плеяды инновационных веб-сервисов.

Поисковый кластер Common Crawl работает на Hadoop, данные хранятся в файловой системе HDFS, а обработка осуществляется средствами MapReduce, после чего весь контент сжимается в архивы формата ARC , файлы по 100 МБ (общий объём базы 40-50 ТБ). Файлы можно скачать к себе или напрямую обрабатывать на EC2 с помощью того же MapReduce. Доступ к bucket 'у возможен только с флагом Amazon Requester-Pays, то есть для зарегистрированных пользователей EC2 (подробнее о Amazon Requester-Pays здесь ). Скачать 40-50 ТБ из внешней сети обойдётся примерно в $130 по текущим расценкам Amazon, обращение через MapReduce внутри EC2 — бесплатно.

Данные доступны практически без ограничений: см. инструкцию по доступу к данным и условия пользования . Запрещено только выкладывать скачанные данные где-то в другом месте, продавать доступ или использовать данные каким-либо незаконным способом.

Добавим, что руководителем Common Crawl Foundation является широко известный в узких кругах Гилад Элбаз (Gilad Elbaz), главный разработчик системы Google AdSense и исполнительный директор стартапа Factual .

неиспорченное удовольствие

есть расхожая шутка, что программисты вообще-то согласны и бесплатно делать то, за что им обычно платят деньги — просто потому, что им работа в удовольствие. Как всегда, это правда только отчасти: в оплачиваемой работе обычно есть куча факторов, которые это удовольствие омрачают. Начиная от совместимости с убогими браузерами и заканчивая тем, что продукт чаще всего делается для среднестатистического Гомера Симпсона, неспособного к малейшему умственному усилию. Всё это порождает бесконечные компромиссы и костыли.

и вот недавно я понял, почему мне так нравится «собирать велосипеды на коленке», писать что-то с нуля и для себя, игнорировать существующие готовые решения. В моём хобби я свободен от требований совместимости с Гомером Симпсоном и эксплорером, и от всех прочих требований тоже. Я сам определяю, что для меня важно, что мне нужно. И, естественно, неинтересное и унылое к этом не относится. В результате я имею дело только с интересным и увлекательным. Именно это и сделало программирование моим хобби ещё в девятом классе — задолго до работы.

что касается готовых решений, они обычно пытаются делать всё и для всех, поэтому тяжелы и полны тех самых компромиссов.

фентези страха и неопределённости

Имя Урсула ле Гуин хорошо запоминается в силу своей необычности. То же относится и к названию «Многорукий бог далайна». И с тем, и с другим я много раз сталкивался, но как-то так получилось, что только недавно попробовал их читать. У Урсулы самая известная серия — «Волшебник Земноморья», поэтому я начал с неё. «Многорукий бог» — одна книга, так что тут проблемы выбора не стояло.

Из «Волшебника» я прочитал только четыре книги, дальше читать не стал. В некоторым смысле мне повезло, что сразу за ними я взял в руки «Многорукого бога» — это помогло мне увидеть в них нечто общее. Может, это даже можно считать поджанром.

Все эти книги объединяют страх и неопределённость. Они возникают почти в самом начале книги, и следуют за главными героями до самого конца. Главный герой почти всё время боится и не знает, что делать. Сама атмосфера книги этому способствует, и читателя тоже подавляет.

Охотно верю, что кому-то это может быть по вкусу, но не мне. Мне это очень не понравилось. Я люблю конструктив. Я люблю сюжет. В этих книгах и того, и другого практически нет. Есть только давящая атмосфера. Спасибо, не надо.

P.S.: С некоторым удивлением проассоциировал пару уже известных мне в компьютерном мире имён собственных с персонажами ле Гуин. Nemerle — это не только язык программирования. Segoe — не только шрифт.

что я не понимаю про облака?

задумал я хранить свои фотки не в пикасе, а в другом хранилище, исключительно с целью бекапа. Фоток у меня, как выяснилось, 18 гигабайт. Для простоты буду считать, что 20 гигов. Эти 20 гигов у гугла можно купить за 5 долларов в год, иными словами за 42 цента в месяц. Собственно, так я в прошлом году и заплатил. Дёшево, но логично, целый терабайтный диск сейчас за 130 долларов можно купить, 20 гигов от него — как раз 6 долларов однократно.

первый кандидат на альтернативу гуглу — модный амазон S3. Только вот с ценами у него как-то странно: $0.140 per GB. За 20 гиг получается 2.8 доллара в месяц вместо 42 центов. Хм? Так, а вроде гугл тоже собирался своё облако клиентам открывать… и открыл, но по 13 центов за гиг в месяц, что даёт за 20 гигов 2.6 доллара вместо 42 центов. Это уже совсем непонятно…

ладно, предположим, что эти деньги за какую-то особую надёжность и прочие издержки. Пойдём тогда поищем кого-нибудь попроще и подешевле, типа банального хостинга. Что-то все они либо места мало предлагают, либо стоят больше 5 долларов в месяц. Один только плохой памяти godaddy даёт за 4.5 доллара в месяц 150 гигов, что уже больше похоже на реальность. 20 гигов от него получаются за 60 центов, но вот купить их отдельно от остальных 130 гигабайт нельзя.

как же так выходит, что своим пользователям гугл предлагает место по цене в 6+ раз меньше, чем он сам и все его конкуренты предлагают посторонним?

Испанский суд признал пиратство безвредным

Судья из Испании вынес интересное решение в деле с продажей пиратских копий: ответчик не должен выплачивать компенсацию правообладателю ввиду невозможности определить меру нанесённого ущерба для продаж. Судья также предположил, что пиратство может увеличивать уровень продаж.

Любой, считающий пиратство лишь вредом или исключительно пользой для авторов, ошибается.

Цифровое пиратство имеет различный эффект в каждом конкретном случае. Отличия проявляются не только в различных сферах медиа-индустрии: игровой, музыкальной, книгопечатной, кинематографе, но и в ином уровне популярности и особенностях целевой аудитории.

Есть множество случаев, в которых цифровое пиратство оказало положительный эффект на продажи. Исследования показали , что «пираты» — лучшие покупатели в музыкальной индустрии, что и подтверждал в этом году один из руководителей EMI Дуглас Мерилл.

«К примеру, есть данные, свидетельствующие о том, что файлообмен для исполнителя полезен. То есть не вреден. Вполне вероятно, нам не стоит всё время так противиться файлообмену. Я не уверен,» — заявил Мерилл тогда.

Допущения Мерилла — случай довольно редкий для большой шишки в музыкальной индустрии, но и не один он высказывался в подобном ключе. В последние месяцы к подобным выводам пришли несколько людей в аниме и книгоиздательской индустриях.

Мнение о том, что цифровое пиратство сказывается на уровне продаж не так пагубно, также не осталось незамеченным и среди юристов. Упомянутый судья из Испании в постановлении указал на то, что определить нанесённый ущерб невозможно, поскольку неясно, сколько людей согласились бы купить продукт по начальной цене.

«Невозможно определить ущерб и соответствующие компенсации ввиду потери прибыли для держателя авторских прав по той простой причине, что скачивающие нелегальные копии фильмов и музыки люди ясно выразили своё желание не быть покупателями легальных копий, а поэтому получение прибыли от них невозможно. […] Другими словами, эти люди скорее купят дешёвую пиратскую копию, чем оригинал за 15-20 евро», — заметил судья.

По мнению судьи, вместо нанесения вреда держателям прав на произведения, пиратство может помочь в продажах. «Во всяком случае, возвращаясь к юридическому спору, вполне возможна ситуация, в которой покупатель после прослушивания или просмотра нелегальной копии пожелает заказать оригинал, убедившись соответствию продукта своим предпочтениям; посему продажа пиратских копий вместо вреда помогает рынку легальных изданий. […] Я объявляю, что в данном случае нет вреда, за который была бы возможна компенсация,» — подытожил судья в вынесенном решении.

Хотя в такие же выводы были достигнуты в результате нескольких исследований , это первый случай, где подобным образом высказался представитель правосудия.

В эру, когда человеческие права нарушаются в целях защиты интересов нескольких медиа-компаний с оборотом в миллионы долларов, нужен более реальный, сбалансированный и независимый взгляд на настоящие последствия цифрового пиратства.